Les programmeurs écrivent du "code". Et toute la valeur des logiciels se trouve dans le travail qu'ils font en écrivant ce code. D'où la nécessité d'une loi qui montre clairement que la liberté de rendre public son propre travail ne pourra jamais être menacée par le détenteur d'un brevet.
Si les brevets logiciels permettent à leurs détenteurs d'interdire la publication de logiciels utilisant des techniques brevetées, cela revient à autoriser le détenteur d'un brevet sur un moteur automobile d'interdire la publication de manuels décrivant ce moteur.
Les ordinateurs doivent interagir avec des imprimantes, des appareils photos numériques ou avec d'autres ordinateurs sur un réseau. Les protocoles sont les règles permettant cette communication, appelée "interopérabilité".
Il est important pour la concurrence de permettre à tous de "parler" selon ces protocoles. Il ne devrait pas être possible de limiter l'interopérabilité en donnant à quelques uns le droit de restreindre l'utilisation des protocoles.
Les standards, la communication, l'ouverture et l'interopérabilité sont les pivots de la libre concurrence. Autoriser leur limitation, ne serait-ce que pendant la durée d'une procédure anti-trust, conduirait à une régression pour le libre marché des télécommunications, nous ramenant à la situation de monopoles que l'on connaissait avant leur libéralisation.
L'accord international sur les ADPIC stipule que les brevets doivent être disponibles pour des inventions dans "tous les domaines technologiques", sans définir explicitement ce terme. Il est du ressort des lois de fixer des limites claires en définissant ce qui doit être considéré comme un "domaine technologique".
Le "traitement de données" est un terme large désignant tous les processus informatiques depuis l'impression et l'envoi de vos photos de vacances jusqu'à l'échange de courriels - les ordinateurs sont par nature des machines de traitement de l'information. Si le traitement des données n'est pas clairement exclu des "domaines technologiques", tout ceci deviendra officiellement brevetable et les brevets déjà déposés dans ce domaine - pour le moment en contradiction avec la loi - pourront être appliqués en justice.
(Par exemple, l'Office européen des brevets a accordé à Amazon.com un brevet permettant d'envoyer des cadeaux à des amis (brevet n° EP0927945). La FNAC.com et bien d'autres vendeurs en ligne utilisent depuis longtemps ceci. Si le traitement des données devient brevetable, Amazon.com pourra se débarrasser de la concurrence de la FNAC et de tous les autres en les attaquant en justice.)
Le droit des brevets a été créé pour encourager les investissements dans l'innovation lorsque ces investissement nécessitent une protection supplémentaire. Il ne dit pas explicitement quels sont les types d'innovations ayant besoin d'une telle protection, sinon des réalisations d'un type encore inconnu ne seraient pas brevetables. Par contre, le droit définit les types pour lesquels les brevet sont inutiles, par exemple : les mathématiques, la logique ou -- un type très proches de ces derniers : les logiciels. Ceux-ci sont déjà protégés par le droit d'auteur, une protection supplémentaire par des brevets serait incompatible avec ces droits déjà existants et les invaliderait. Ainsi, la Convention sur le brevet européen (CBE) exclut explicitement les logiciels de la brevetabilité.
Puisque les offices des brevets ont tendance à étendre la brevetabilité jusqu'aux méthodes d'affaires (voir l'exemple d'Amazon.com ci-dessus) et aimeraient cacher ceci derrière des formulations vagues comme "en tant que tels", il devient nécessaire d'expliciter les fondements implicites du système de brevets :
Seules les solutions nouvelles et non évidentes, concernant l'application des connaissances sur les sciences naturelles appliquées (ou les forces de la nature) devraient être brevetables. Cela ne remet pas en cause la brevetabilité d'inventions nécessitant un ordinateur ou un programme d'ordinateur dans une mise en oeuvre particulière. Cela dit juste que l'invention doit se situer ailleurs que dans ce programme et donc que le brevet ne devrait pas revendiquer que ce programme ou les règles qu'il met en oeuvre soient considérées comme une invention.